Tras los recientes cambios ratificados en el nuevo reglamento de la Copa Perú, se puede destacar por ejemplo que ahora se acortó el tiempo para la Etapa Provincial, ya que la semifinal y final se tendrán que jugar en partido único y en una sola sede.
Entre otros de los cambios, es que ahora la Etapa Nacional se jugará por llaves desde su primera fase, con eliminación simple.
En lo que respecta a la Etapa Departamental esta debería iniciarse el domingo 22 de junio y deberá finalizar el 24 de agosto, además los escenarios para dicho torneo deberán contar con las condiciones mínimas de seguridad como cerco perimétrico y malla olímpica en perfecto estado, y tener capacidad mínima para 2,000 espectadores.
En cuanto a la Etapa Nacional de la Copa Perú, esta se deberá iniciar el 7 de septiembre y deberá culminar el 9 de noviembre, y se jugará por llaves desde la Fase 1 con los treintaidosavos de final con 64, los mismos que serán los campeones y subcampeones departamentales de nuestro país que suman 50 equipos, mas los 14 equipos que ocupen el tercer lugar en los departamentos de Piura, Lambayeque, La Libertad, Ancash, Huánuco, Lima y San Martin, Ica, Junín, Cusco, Arequipa, Puno, Ayacucho y Apurímac. Luego pasarán a los dieciseisavos de final, después a octavos, cuartos, todos en partidos de ida y vuelta, mientras que la semifinal se jugará en una sola jornada en sede neutral, al igual que la final del torneo.
Ya no se jugará como hasta el año pasado, que los 50 equipos eran distribuidos en grupos, de acuerdo a la cercanía geográfica y se elaboraba una tabla general de 50 equipos, para luego clasificar a la fase de llaves hasta llegar a los cuartos de final, semifinal y final, que se jugaba en la capital, para este año será con llaves desde la primera fase.
El campeón de la Copa Perú 2025 ascenderá a la Liga 2 profesional, mientras que el subcampeón jugará un play off con el subcampeón de la Liga 3 por un cupo de ascenso a la Liga 2, y dichos partidos serán de ida y vuelta y se jugarán entre el 16 y 23 de noviembre. Mientras que los 4 equipos mejor ubicados en la tabla final de la Etapa Nacional de la Copa Perú ascenderán directamente a la Liga 3 del 2026.
Finalmente, este nuevo reglamento estableció que, para cualquier reclamo a partir de la Etapa Provincial de la Copa Perú, la tasa será de mil soles, mientras que para la Etapa Departamental costará 2,000 soles, y para la Etapa Nacional la tasa es de 5,000 soles.